<삼국유사>는 고조선(왕검조선) 조를 처음에 두어, 우리 역사의 시작이 왕검조선 즉 단군조선임을 보여주고자 했다. 이는 삼국사기가 신라본기에서 시작하면서 단지 서두에서 신라 6촌에 대하여 “조선유민(朝鮮遺民)이 산곡 사이에 나누어 살아 6촌을 형성하였다”라고만 한 것과 대조된다. 이 때 조선유민은 기자조선의 유민을 의미하며 이것도 삼국유사와 다른 점이다.

삼국유사는 단군조선에서 기자조선으로의 일종의 “왕조 교체”를 언급했다. 아울러 고조선 조의 바로 뒤에 위만조선 조를 둠으로써 고조선을 단군조선-기자조선-위만조선의 3단계로 하는 이른바 “삼조선(三朝鮮)” 설의 원형을 형성했다.